Typedef Blosum80BLOSUM80 scoring matrix.
BLOSUM80 scoring matrix.
| Defined in | <seqan/score.h> |
|---|---|
| Signature |
typedef Score<int, ScoreMatrix<AminoAcid, ScoreSpecBlosum80> > Blosum80;
|
Overview
A 7
B -3 6
C -1 -6 13
D -3 6 -7 10
E -2 1 -7 2 8
F -4 -6 -4 -6 -6 10
G 0 -2 -6 -3 -4 -6 9
H -3 -1 -7 -2 0 -2 -4 12
I -3 -6 -2 -7 -6 -1 -7 -6 7
J -3 -7 -3 -7 -6 -1 -7 -6 5 5
K -1 -1 -6 -2 1 -5 -3 -1 -5 -5 8
L -3 -7 -3 -7 -6 0 -7 -5 2 4 -4 6
M -2 -5 -3 -6 -4 0 -5 -4 2 3 -3 3 9
N -3 5 -5 2 -1 -6 -1 1 -6 -6 0 -6 -4 9
O -1 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2
P -1 -4 -6 -3 -2 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -5 -4 -4 -3 12
Q -2 -1 -5 -1 3 -5 -4 1 -5 -5 2 -4 -1 0 -2 -3 9
R -3 -2 -6 -3 -1 -5 -4 0 -5 -5 3 -4 -3 -1 -2 -3 1 9
S 2 0 -2 -1 -1 -4 -1 -2 -4 -4 -1 -4 -3 1 -1 -2 -1 -2 7
T 0 -1 -2 -2 -2 -4 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -1 0 -1 -3 -1 -2 2 8
U -1 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -2
V -1 -6 -2 -6 -4 -2 -6 -5 4 3 -4 1 1 -5 -2 -4 -4 -4 -3 0 -2 7
W -5 -8 -5 -8 -6 0 -6 -4 -5 -5 -6 -4 -3 -7 -5 -7 -4 -5 -6 -5 -5 -5 16
Y -4 -5 -5 -6 -5 4 -6 3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 -6 -3 -4 -3 -3 -3 -3 3 11
Z -2 0 -7 1 6 -6 -4 0 -6 -6 1 -5 -3 -1 -1 -2 5 0 -1 -2 -1 -4 -5 -4 6
X -1 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -5 -3 -1 -2
* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W Y Z X *