{
  "registry": {
    "compare_effect": {
      "allowed": [
        "maf_level",
        "label",
        "snplist",
        "mode",
        "anno",
        "anno_het",
        "anno_min",
        "anno_min1",
        "anno_max_iter",
        "anno_max_rows",
        "anno_set",
        "anno_min2",
        "anno_diff",
        "anno_kwargs",
        "scaled",
        "scaled1",
        "scaled2",
        "wc_correction",
        "null_beta",
        "is_q",
        "is_q_mc",
        "include_all",
        "q_level",
        "sig_level",
        "get_lead_kwargs",
        "drop",
        "wc_sig_level",
        "reg_box",
        "is_reg",
        "fdr",
        "reg_text",
        "allele_match",
        "r_se",
        "is_45_helper_line",
        "legend_mode",
        "legend_title",
        "legend_title2",
        "legend_pos",
        "scatter_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "xylabel_prefix",
        "helper_line_kwargs",
        "adjust_text_kwargs",
        "adjust_text_kwargs_l",
        "adjust_text_kwargs_r",
        "font_kwargs",
        "build",
        "r_or_r2",
        "err_kwargs",
        "legend_kwargs",
        "save",
        "save_kwargs",
        "verbose",
        "clean_output",
        "log"
      ],
      "defaults": {
        "fig_kwargs": {
          "figsize": [
            8,
            8
          ],
          "dpi": 200
        },
        "scatter_kwargs": {
          "s": 20
        },
        "err_kwargs": {
          "ecolor": "#cccccc",
          "elinewidth": 1
        },
        "helper_line_kwargs": {
          "color": "black",
          "linestyle": "-",
          "lw": 1
        },
        "font_kwargs": {
          "fontsize": 9
        },
        "legend_title": "$\\mathregular{ P < 5 x 10^{-8}}$ in:",
        "legend_title2": "Heterogeneity test:",
        "legend_pos": "upper left",
        "save": false
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_miami2": {
      "allowed": [
        "mode",
        "scaled",
        "scaled1",
        "scaled2",
        "use_rank",
        "chrpad",
        "region_hspace",
        "dpi",
        "fontsize",
        "xtick_label_size",
        "font_family",
        "xlabel_coords",
        "xtick_label_pad",
        "xtickpad",
        "fig_kwargs",
        "scatter_kwargs",
        "same_ylim",
        "save",
        "save_kwargs",
        "figax",
        "titles",
        "titles_pad",
        "id0",
        "id1",
        "id2",
        "log",
        "verbose",
        "anno",
        "cut",
        "skip",
        "anno_max_iter",
        "anno_max_rows",
        "anno_args",
        "anno_args_single",
        "anno_fixed_arm_length",
        "anno_gtf_path",
        "anno_height",
        "anno_kwargs_single",
        "anno_source",
        "anno_xshift",
        "arm_offset",
        "arm_scale",
        "arm_scale_d",
        "arrow_kwargs",
        "repel_force",
        "cut_line_color",
        "cut_log",
        "cutfactor",
        "jagged",
        "jagged_len",
        "jagged_wid",
        "qq_scatter_kwargs",
        "qq_line_color",
        "qq_xlabels",
        "qq_xlim",
        "highlight",
        "highlight_chrpos",
        "highlight_color",
        "highlight_anno_args",
        "highlight_anno_kwargs",
        "highlight_lim",
        "highlight_lim_mode",
        "anno_set",
        "anno_alias",
        "anno_d",
        "anno_kwargs",
        "anno_style",
        "anno_fontsize",
        "anno_adjust",
        "highlight_windowkb",
        "pinpoint",
        "pinpoint_color",
        "sig_level",
        "anno_sig_level",
        "sig_line",
        "sig_line_color",
        "suggestive_sig_line",
        "suggestive_sig_level",
        "suggestive_sig_line_color",
        "additional_line",
        "additional_line_color",
        "sc_linewidth",
        "ylim",
        "ylabels",
        "ystep",
        "ytick3",
        "xpad",
        "xpadl",
        "xpadr",
        "xtick_chr_dict",
        "xtight",
        "title",
        "ylabel",
        "xlabel",
        "title_pad",
        "title_fontsize",
        "colors",
        "marker_size",
        "expected_min_mlog10p",
        "region",
        "build",
        "suffixes",
        "cols",
        "cols1",
        "cols2",
        "chr_dict",
        "chr_dict1",
        "chr_dict2"
      ],
      "defaults": {
        "mode": "m",
        "use_rank": false,
        "chrpad": 0.03,
        "region_hspace": 0.1,
        "dpi": 100,
        "fontsize": 10,
        "xtick_label_size": 10,
        "font_family": "Arial",
        "xlabel_coords": [
          -0.01,
          -0.05
        ],
        "xtick_label_pad": 0,
        "scatter_kwargs": {
          "s": 20
        },
        "save": false
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_associations": {
      "allowed": [
        "values",
        "fig_kwargs",
        "log",
        "verbose",
        "sort",
        "fontsize",
        "font_family",
        "cmap",
        "ylabel",
        "xlabel",
        "save",
        "save_kwargs",
        "title",
        "heatmap_kwargs",
        "annot",
        "fmt",
        "vmin",
        "vmax",
        "center",
        "cbar",
        "cbar_kws",
        "xticklabel_kwargs",
        "yticklabel_kwargs"
      ],
      "defaults": {
        "values": "BETA_GCV2",
        "sort": "P_GCV2",
        "fontsize": 12,
        "font_family": "Arial",
        "cmap": "RdBu",
        "ylabel": "Traits",
        "xlabel": "rsID - Gene Name",
        "annot": true,
        "fmt": ".2f",
        "cbar": true
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "heatmap_kwargs": [],
        "cbar_kws": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_daf": {
      "allowed": [
        "eaf",
        "daf",
        "raf",
        "threshold",
        "xlabel",
        "ylabel",
        "is_reg",
        "r2",
        "is_45_helper_line",
        "is_threshold",
        "helper_line_kwargs",
        "threshold_line_kwargs",
        "reg_line_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "scatter_kwargs",
        "scatter_kwargs_outlier",
        "histplot_kwargs",
        "font_kwargs",
        "r2_kwargs",
        "legend1",
        "legend2",
        "save",
        "save_kwargs",
        "verbose",
        "log"
      ],
      "defaults": {
        "is_45_helper_line": true,
        "fig_kwargs": {
          "figsize": [
            8,
            4
          ],
          "dpi": 300
        },
        "scatter_kwargs": {
          "s": 1
        },
        "scatter_kwargs_outlier": {
          "s": 3,
          "c": "red"
        },
        "histplot_kwargs": {
          "log_scale": [
            false,
            false
          ]
        },
        "reg_line_kwargs": {
          "color": "#cccccc",
          "linestyle": "--"
        },
        "threshold_line_kwargs": {
          "color": "#cccccc",
          "linestyle": "dotted"
        },
        "helper_line_kwargs": {
          "color": "black",
          "linestyle": "-",
          "lw": 1
        },
        "r2_kwargs": {
          "va": "bottom",
          "ha": "right"
        }
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_effect": {
      "allowed": [
        "y",
        "y_sort",
        "group",
        "x",
        "se",
        "eaf",
        "snpr2",
        "ylabel",
        "eaf_panel",
        "snpvar_panel",
        "rename_dic",
        "err_kwargs",
        "font_kwargs",
        "save",
        "title",
        "save_kwargs",
        "eaf_kwargs",
        "snpr2_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "scatter_kwargs",
        "effect_label",
        "eaf_label",
        "snpr2_label",
        "xlim_eaf",
        "xlim_snpr2",
        "legend_mode",
        "ncol",
        "gap",
        "fontsize",
        "font_family",
        "size",
        "hue",
        "style_col",
        "sort_kwargs",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "legend_mode": "auto",
        "ncol": 1,
        "gap": 0.3,
        "fig_kwargs": {
          "figsize": [
            8,
            8
          ],
          "dpi": 200
        },
        "scatter_kwargs": {
          "s": 20
        },
        "err_kwargs": {
          "ecolor": "#cccccc",
          "linewidth": 0,
          "zorder": 90,
          "elinewidth": 1
        },
        "eaf_kwargs": {
          "color": "#74BAD3"
        },
        "snpr2_kwargs": {
          "color": "#74BAD3"
        },
        "font_kwargs": {
          "fontsize": 12,
          "family": "sans",
          "fontname": "Arial"
        }
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_forest": {
      "allowed": [
        "study_col",
        "group_col",
        "compact_factor",
        "width_ratios",
        "sharex",
        "meta",
        "combine_effects_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "save",
        "save_kwargs",
        "fontsize",
        "font_family",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "fig_kwargs": {
          "figsize": [
            15,
            5
          ],
          "dpi": 300
        },
        "save": false,
        "save_kwargs": {
          "dpi": 300,
          "facecolor": "white"
        },
        "fontsize": 12,
        "font_family": "Arial"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_gwheatmap": {
      "allowed": [
        "chrom",
        "pos",
        "ref_chrom",
        "ref_pos",
        "p",
        "scaled",
        "sizes",
        "alpha",
        "mlog10p",
        "snpid",
        "eaf",
        "group",
        "ea",
        "nea",
        "colors",
        "check",
        "chr_dict",
        "xchrpad",
        "ychrpad",
        "use_rank",
        "xtick_chr_dict",
        "ytick_chr_dict",
        "fontsize",
        "add_b",
        "log",
        "fig_kwargs",
        "scatter_kwargs",
        "height_ratios",
        "hspace",
        "font_family",
        "cis_windowsizekb",
        "verbose",
        "save",
        "save_kwargs",
        "grid_linewidth",
        "grid_linecolor"
      ],
      "defaults": {
        "height_ratios": [
          1,
          2
        ],
        "hspace": 0.1,
        "colors": [
          "#CB132D",
          "#597FBD"
        ],
        "save": true,
        "grid_linewidth": 1,
        "grid_linecolor": "grey"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_manhattan": {
      "inherit": "plot_mqq:mqq"
    },
    "plot_mqq:mqq": {
      "allowed": [
        "_chrom_df_for_i",
        "_get_region_lead",
        "_if_quick_qc",
        "_invert",
        "_posdiccul",
        "additional_line",
        "additional_line_color",
        "anno",
        "anno_adjust",
        "anno_alias",
        "anno_args",
        "anno_args_single",
        "anno_d",
        "anno_fixed_arm_length",
        "anno_fontsize",
        "anno_gtf_path",
        "anno_height",
        "anno_kwargs",
        "anno_kwargs_single",
        "anno_max_iter",
        "anno_max_rows",
        "anno_set",
        "anno_source",
        "anno_style",
        "anno_xshift",
        "arm_offset",
        "arm_scale",
        "arm_scale_d",
        "arrow_kwargs",
        "build",
        "bwindowsizekb",
        "cbar_bbox_to_anchor",
        "cbar_borderpad",
        "cbar_downward_offset",
        "cbar_equal_aspect",
        "cbar_font_family",
        "cbar_fontsize",
        "cbar_h_scale",
        "cbar_scale",
        "cbar_title",
        "cbar_w_scale",
        "check",
        "chr_dict",
        "chrom",
        "chrpad",
        "colors",
        "cut",
        "cut_line_color",
        "cut_log",
        "cutfactor",
        "density_color",
        "density_palette",
        "density_range",
        "density_threshold",
        "density_tpalette",
        "density_trange",
        "dpi",
        "drop_chr_start",
        "ea",
        "eaf",
        "expected_min_mlog10p",
        "fig_args",
        "fig_kwargs",
        "figargs",
        "figax",
        "font_family",
        "fontfamily",
        "fontsize",
        "gc",
        "gtf_chr_dict",
        "gtf_gene_name",
        "gtf_path",
        "highlight",
        "highlight_anno_args",
        "highlight_anno_kwargs",
        "highlight_chrpos",
        "highlight_color",
        "highlight_lim",
        "highlight_lim_mode",
        "highlight_windowkb",
        "include_chrXYMT",
        "insumstats",
        "jagged",
        "jagged_len",
        "jagged_wid",
        "ld_fmt",
        "ld_if_add_T",
        "ld_if_square",
        "ld_map_kwargs",
        "ld_map_path",
        "ld_map_rename_dic",
        "ld_path",
        "ld_block",
        "anno_cell",
        "anno_cell_fmt",
        "anno_cell_kwargs",
        "ld_block_grid",
        "ld_block_grid_kwargs",
        "ld_link",
        "ld_link_thr",
        "ld_link_color",
        "ld_link_alpha_scale",
        "ld_link_linewidth",
        "ld_link_sig_level",
        "show_ld_score",
        "log",
        "maf_bin_colors",
        "maf_bins",
        "marker_size",
        "math_fontfamily",
        "mlog10p",
        "mode",
        "mqqratio",
        "mtitle",
        "mtitle_pad",
        "nea",
        "p",
        "pinpoint",
        "pinpoint_color",
        "pos",
        "qq_line_color",
        "qq_scatter_args",
        "qq_scatter_kwargs",
        "qq_xlabels",
        "qq_xlim",
        "qqscatterargs",
        "qtitle",
        "qtitle_pad",
        "region",
        "region_anno_bbox_args",
        "region_anno_bbox_kwargs",
        "region_flank_factor",
        "region_grid",
        "region_grid_line",
        "region_hspace",
        "region_ld_colors",
        "region_ld_colors_m",
        "region_ld_legend",
        "region_ld_threshold",
        "region_lead_grid",
        "region_lead_grid_line",
        "region_legend_marker",
        "region_marker_shapes",
        "region_protein_coding",
        "region_recombination",
        "region_ref",
        "region_ref_alias",
        "region_ref_second",
        "region_step",
        "region_title",
        "region_title_args",
        "region_title_kwargs",
        "repel_force",
        "rr_chr_dict",
        "rr_header_dict",
        "rr_lim",
        "rr_path",
        "rr_ylabel",
        "save",
        "save_args",
        "save_kwargs",
        "saveargs",
        "sc_linewidth",
        "scaled",
        "scatter_args",
        "scatter_kwargs",
        "scatterargs",
        "sig_level",
        "anno_sig_level",
        "sig_line",
        "sig_line_color",
        "skip",
        "snpid",
        "stratified",
        "suggestive_sig_level",
        "suggestive_sig_line",
        "suggestive_sig_line_color",
        "tabix",
        "taf",
        "title",
        "title_fontsize",
        "title_pad",
        "track_exon_ratio",
        "track_font_family",
        "track_fontsize_ratio",
        "track_n",
        "track_n_offset",
        "track_text_offset",
        "use_rank",
        "vcf_chr_dict",
        "vcf_path",
        "verbose",
        "windowsizekb",
        "xlabel",
        "xpad",
        "xpadl",
        "xpadr",
        "xtick_chr_dict",
        "xtight",
        "ylabel",
        "ylabels",
        "ylim",
        "ystep",
        "ytick3"
      ],
      "defaults": {
        "_get_region_lead": false,
        "_if_quick_qc": true,
        "_invert": false,
        "anno_adjust": false,
        "anno_fontsize": 9,
        "anno_height": 1,
        "anno_max_iter": 100,
        "anno_source": "ensembl",
        "anno_style": "right",
        "arm_scale": 1,
        "bwindowsizekb": 100,
        "cbar_bbox_to_anchor": [
          0,
          0,
          1,
          1
        ],
        "cbar_downward_offset": 1.3,
        "cbar_equal_aspect": true,
        "cbar_font_family": "Arial",
        "cbar_fontsize": 12,
        "cbar_h_scale": 1,
        "cbar_scale": true,
        "cbar_title": "LD $\\mathregular{r^2}$ with variant",
        "cbar_w_scale": 1,
        "check": true,
        "chrom": "CHR",
        "chrpad": 0.03,
        "colors": [
          "#597FBD",
          "#74BAD3"
        ],
        "cut": 0,
        "cut_line_color": "#ebebeb",
        "cut_log": false,
        "cutfactor": 10,
        "density_color": false,
        "density_palette": "Reds",
        "density_threshold": 5,
        "density_tpalette": "Blues",
        "density_trange": [
          0,
          10
        ],
        "dpi": 200,
        "drop_chr_start": false,
        "ea": "EA",
        "eaf": "EAF",
        "expected_min_mlog10p": 0,
        "fig_kwargs": {
          "figsize": [
            15,
            5
          ],
          "dpi": 200
        },
        "font_family": "Arial",
        "fontfamily": "Arial",
        "fontsize": 10,
        "gc": true,
        "gtf_path": "default",
        "highlight_chrpos": false,
        "highlight_color": "#CB132D",
        "highlight_lim_mode": "absolute",
        "highlight_windowkb": 500,
        "include_chrXYMT": true,
        "jagged": false,
        "jagged_len": 0.01,
        "jagged_wid": 0.01,
        "ld_fmt": "npz",
        "ld_if_add_T": false,
        "ld_if_square": false,
        "ld_block": false,
        "ld_link": false,
        "ld_link_thr": 0.0,
        "ld_link_color": "blue",
        "ld_link_alpha_scale": 0.2,
        "ld_link_linewidth": 1.0,
        "ld_link_sig_level": null,
        "show_ld_score": false,
        "maf_bin_colors": [
          "#f0ad4e",
          "#5cb85c",
          "#5bc0de",
          "#000042"
        ],
        "maf_bins": [
          [
            0,
            0.01
          ],
          [
            0.01,
            0.05
          ],
          [
            0.05,
            0.25
          ],
          [
            0.25,
            0.5
          ]
        ],
        "marker_size": [
          5,
          20
        ],
        "math_fontfamily": "dejavusans",
        "mlog10p": "MLOG10P",
        "mqqratio": 3,
        "mtitle_pad": 1.08,
        "nea": "NEA",
        "p": "P",
        "pinpoint_color": "red",
        "pos": "POS",
        "qq_line_color": "grey",
        "qtitle_pad": 1.08,
        "region_grid": false,
        "region_grid_line": {
          "linewidth": 2,
          "linestyle": "--"
        },
        "region_ld_colors": [
          "#E4E4E4",
          "#020080",
          "#86CEF9",
          "#24FF02",
          "#FDA400",
          "#FF0000",
          "#FF0000"
        ],
        "region_ld_colors_m": [
          "#E51819",
          "#367EB7",
          "green",
          "#F07818",
          "#AD5691",
          "yellow",
          "purple"
        ],
        "region_ld_legend": true,
        "region_ld_threshold": [
          0.2,
          0.4,
          0.6,
          0.8
        ],
        "region_lead_grid": true,
        "region_lead_grid_line": {
          "alpha": 0.5,
          "linewidth": 2,
          "linestyle": "--",
          "color": "#FF0000"
        },
        "region_legend_marker": true,
        "region_marker_shapes": [
          "X",
          "o",
          "^",
          "s",
          "D",
          "*",
          "P",
          "h",
          "8"
        ],
        "region_protein_coding": true,
        "region_recombination": true,
        "region_title_kwargs": {
          "family": "Arial",
          "size": 12
        },
        "repel_force": 0.03,
        "rr_lim": [
          0,
          100
        ],
        "rr_path": "default",
        "rr_ylabel": true,
        "sc_linewidth": 2,
        "scaled": false,
        "sig_level": 5e-08,
        "anno_sig_level": 5e-08,
        "sig_line": true,
        "sig_line_color": "grey",
        "skip": 0,
        "snpid": "SNPID",
        "stratified": false,
        "suggestive_sig_level": 5e-06,
        "suggestive_sig_line": false,
        "suggestive_sig_line_color": "grey",
        "taf": [
          4,
          0,
          0.95,
          1,
          1
        ],
        "title_fontsize": 13,
        "title_pad": 1.08,
        "track_exon_ratio": 1,
        "track_font_family": "Arial",
        "track_fontsize_ratio": 0.95,
        "track_n": 4,
        "track_n_offset": 0,
        "track_text_offset": 1,
        "use_rank": false,
        "verbose": true,
        "windowsizekb": 500,
        "xtight": false,
        "ystep": 0,
        "ytick3": true,
        "mode": "mqq"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [
          "edgecolor",
          "edgecolors",
          "linewidth",
          "ax",
          "palette",
          "hue",
          "data",
          "legend",
          "style",
          "size",
          "sizes",
          "zorder",
          "s"
        ],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_mqq:qqm": {
      "inherit": "plot_mqq:mqq"
    },
    "plot_mqq:m": {
      "inherit": "plot_mqq:mqq"
    },
    "plot_mqq:r": {
      "allowed_inherit": "plot_mqq:mqq",
      "banned_keys_inherit": "plot_mqq:mqq",
      "defaults": {
        "marker_size": [
          45,
          65
        ],
        "region_step": 21,
        "region_grid": false,
        "region_lead_grid": true,
        "region_hspace": 0.02,
        "region_grid_line": {
          "linewidth": 2,
          "linestyle": "--"
        },
        "region_lead_grid_line": {
          "alpha": 0.5,
          "linewidth": 2,
          "linestyle": "--",
          "color": "#FF0000"
        },
        "region_ld_threshold": [
          0.2,
          0.4,
          0.6,
          0.8
        ],
        "region_anno_bbox_kwargs": {
          "ec": "None",
          "fc": "None"
        },
        "region_ld_colors": [
          "#E4E4E4",
          "#020080",
          "#86CEF9",
          "#24FF02",
          "#FDA400",
          "#FF0000",
          "#FF0000"
        ],
        "region_ld_colors_m": [
          "#E51819",
          "#367EB7",
          "green",
          "#F07818",
          "#AD5691",
          "yellow",
          "purple"
        ],
        "region_marker_shapes": [
          "X",
          "o",
          "^",
          "s",
          "D",
          "*",
          "P",
          "h",
          "8"
        ],
        "region_title_kwargs": {
          "size": 13
        },
        "region_recombination": true,
        "region_protein_coding": true,
        "region_flank_factor": 0.05,
        "cbar_title": "LD $\\mathregular{r^2}$ with variant",
        "cbar_bbox_to_anchor": [
          0,
          0,
          1,
          1
        ],
        "cbar_equal_aspect": true,
        "cbar_w_scale": 1,
        "cbar_h_scale": 1,
        "cbar_downward_offset": 1.3,
        "track_n": 4,
        "track_n_offset": 0,
        "track_fontsize_ratio": 0.95,
        "track_exon_ratio": 1,
        "track_text_offset": 1,
        "rr_lim": [
          0,
          100
        ],
        "rr_ylabel": true,
        "gtf_path": "default",
        "rr_path": "default",
        "sig_line": true,
        "suggestive_sig_line": false,
        "track_font_family": "Arial"
      }
    },
    "plot_pipcs": {
      "allowed": [
        "region",
        "locus",
        "figax",
        "xtick_chr_dict",
        "pip",
        "onlycs",
        "pos",
        "chrom",
        "cs",
        "cs_category",
        "legend_title",
        "marker_size",
        "palette",
        "edgecolor",
        "fig_kwargs",
        "scatter_kwargs",
        "fontsize",
        "font_family",
        "save",
        "save_kwargs",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "marker_size": 40
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_qq:qq": {
      "allowed": [
        "qq_scatter_kwargs",
        "mlog10p",
        "p",
        "qq_line_color",
        "qq_xlabels",
        "qq_xlim",
        "marker_size",
        "gc",
        "cut",
        "cutfactor",
        "cut_log",
        "skip",
        "ystep",
        "ylabels",
        "ytick3",
        "colors",
        "title",
        "qtitle",
        "qtitle_pad",
        "fontsize",
        "font_family",
        "fig_kwargs",
        "figax",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "qq_line_color": "grey"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_region:r": {
      "allowed_inherit": "plot_mqq:r",
      "banned_keys_inherit": "plot_mqq:r",
      "defaults_inherit": "plot_mqq:r"
    },
    "plot_region": {
      "allowed_inherit": "plot_mqq:r",
      "banned_keys_inherit": "plot_mqq:r",
      "defaults_inherit": "plot_mqq:r"
    },
    "plot_ld_block": {
      "allowed": [
        "ld",
        "pos",
        "vcf_path",
        "region",
        "sumstats",
        "pos_col",
        "nea_col",
        "ea_col",
        "tabix",
        "mapper",
        "ax",
        "ax_pos",
        "cmap",
        "vmin",
        "vmax",
        "xlabel",
        "title",
        "cbar",
        "cbar_label",
        "cbar_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "save",
        "save_kwargs",
        "fontsize",
        "font_family",
        "region_step",
        "lead_snp_is",
        "lead_snp_is_color",
        "anno_cell",
        "anno_cell_fmt",
        "anno_cell_kwargs",
        "ld_block_grid",
        "ld_block_grid_kwargs",
        "ld_block_anno",
        "ld_block_anno_kwargs",
        "ld_block_anno_set",
        "ld_block_anno_max_rows",
        "position_bar_bg",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "pos_col": "POS",
        "nea_col": "NEA",
        "ea_col": "EA",
        "vmin": 0.0,
        "vmax": 1.0,
        "xlabel": "Genomic position",
        "cbar": true,
        "cbar_label": "LD $\\mathregular{r^2}$ with variant",
        "fontsize": 10,
        "font_family": "Arial",
        "region_step": 21,
        "anno_cell": false,
        "anno_cell_fmt": "{:.2f}",
        "anno_cell_kwargs": null,
        "ld_block_grid": false,
        "ld_block_grid_kwargs": null,
        "ld_block_anno": false,
        "ld_block_anno_kwargs": null,
        "ld_block_anno_set": null,
        "ld_block_anno_max_rows": 100,
        "position_bar_bg": true,
        "verbose": true
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "cbar_kwargs": []
      }
    },
    "plot_rg": {
      "allowed": [
        "p1",
        "p2",
        "rg",
        "p",
        "sig_levels",
        "rganno",
        "panno",
        "corrections",
        "panno_texts",
        "equal_aspect",
        "cmap",
        "full_cell",
        "log",
        "panno_kwargs",
        "rganno_kwargs",
        "verbose",
        "asize",
        "sort_key",
        "square",
        "colorbar_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "xticklabel_kwargs",
        "yticklabel_kwargs",
        "fdr_method",
        "fontsize",
        "save",
        "save_kwargs"
      ],
      "defaults": {
        "sig_levels": [
          0.05
        ],
        "rganno": "non",
        "panno": true,
        "corrections": [
          "non",
          "fdr",
          "bon"
        ],
        "equal_aspect": true,
        "full_cell": [
          "fdr",
          0.05
        ],
        "colorbar_kwargs": {
          "shrink": 0.82
        },
        "fig_kwargs": {
          "dpi": 300
        },
        "yticklabel_kwargs": {
          "fontsize": 10,
          "fontfamily": "Arial"
        },
        "xticklabel_kwargs": {
          "rotation": 45,
          "horizontalalignment": "left",
          "verticalalignment": "bottom",
          "fontsize": 10,
          "fontfamily": "Arial"
        },
        "fdr_method": "bh",
        "fontsize": 10
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_snp_density": {
      "inherit":"plot_mqq:mqq",
      "defaults": {
        "bwindowsizekb": 100,
        "density_color": false,
        "density_trange": [
          0,
          10
        ],
        "density_threshold": 5,
        "density_tpalette": "Blues",
        "density_palette": "Reds"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_snp_density:b": {
      "allowed_inherit": "plot_mqq:mqq",
      "defaults": {
        "bwindowsizekb": 100,
        "density_color": false,
        "density_trange": [
          0,
          10
        ],
        "density_threshold": 5,
        "density_tpalette": "Blues",
        "density_palette": "Reds"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_trumpet:b": {
      "allowed": [
        "mode",
        "snpid",
        "chrom",
        "pos",
        "n",
        "p",
        "maf",
        "eaf",
        "beta",
        "sig_level",
        "prevalence",
        "ncase",
        "ncontrol",
        "or_to_rr",
        "ts",
        "anno",
        "p_level",
        "anno_y",
        "anno_x",
        "maf_range",
        "beta_range",
        "n_matrix",
        "xscale",
        "yscale_factor",
        "cmap",
        "ylim",
        "xlim",
        "markercolor",
        "highlight",
        "highlight_chrpos",
        "highlight_color",
        "highlight_windowkb",
        "highlight_anno_kwargs",
        "highlight_lim",
        "highlight_lim_mode",
        "pinpoint",
        "pinpoint_color",
        "size",
        "sizes",
        "hue",
        "style",
        "xlabel",
        "ylabel",
        "title",
        "font_family",
        "fontsize",
        "marker_size",
        "scatter_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "save",
        "save_kwargs",
        "build",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "mode": "b"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_trumpet:q": {
      "allowed": [
        "mode",
        "snpid",
        "chrom",
        "pos",
        "n",
        "p",
        "maf",
        "eaf",
        "beta",
        "sig_level",
        "ts",
        "anno",
        "p_level",
        "anno_y",
        "anno_x",
        "maf_range",
        "beta_range",
        "n_matrix",
        "xscale",
        "yscale_factor",
        "cmap",
        "ylim",
        "xlim",
        "markercolor",
        "highlight",
        "highlight_chrpos",
        "highlight_color",
        "highlight_windowkb",
        "highlight_anno_kwargs",
        "highlight_lim",
        "highlight_lim_mode",
        "pinpoint",
        "pinpoint_color",
        "size",
        "sizes",
        "hue",
        "style",
        "xlabel",
        "ylabel",
        "title",
        "font_family",
        "fontsize",
        "marker_size",
        "scatter_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "save",
        "save_kwargs",
        "build",
        "log",
        "verbose"
      ],
      "defaults": {
        "mode": "q"
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "scatter_kwargs": [],
        "qq_scatter_kwargs": [],
        "panno_kwargs": [],
        "rganno_kwargs": [],
        "colorbar_kwargs": [],
        "xticklabel_kwargs": [],
        "yticklabel_kwargs": []
      }
    },
    "plot_stacked_mqq": {
      "allowed_inherit": "plot_mqq:mqq",
      "allowed": [
        "objects",
        "vcfs",
        "mode",
        "mqqratio",
        "region",
        "region_chromatin_height",
        "region_chromatin_files",
        "region_chromatin_labels",
        "titles",
        "title_pos",
        "title_kwargs",
        "gtf",
        "mqq_height",
        "cs_height",
        "gene_track_height",
        "fig_kwargs",
        "region_hspace",
        "subplot_height",
        "region_lead_grids",
        "region_lead_grid_line",
        "region_ld_legends",
        "fontsize",
        "font_family",
        "common_ylabel",
        "build",
        "save",
        "save_kwargs",
        "verbose",
        "pm",
        "log",
        "highlight",
        "anno_set",
        "pinpoint"
      ],
      "defaults": {
        "vcfs":[],
        "mode": "r",
        "mqqratio": 3,
        "region_chromatin_height": 0.1,
        "mqq_height": 1,
        "cs_height": 0.5,
        "gene_track_height": 0.5,
        "region_hspace": 0.07,
        "subplot_height": 4,
        "fontsize": 9,
        "font_family": "Arial",
        "common_ylabel": true,
        "build": "99",
        "verbose": true,
        "highlight": [],
        "anno_set": [],
        "pinpoint": []
      },
      "banned_keys_inherit": "plot_mqq:mqq",
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": []
      }
    },
    "plot_phenogram": {
      "allowed": [
        "snpid",
        "chrom",
        "pos",
        "p",
        "mlog10p",
        "windowsizekb",
        "sig_level",
        "cytoband_path",
        "build",
        "ncols",
        "figsize",
        "dpi",
        "annotate_snps",
        "annotation_kwargs",
        "anno_style",
        "repel_force",
        "anno_max_iter",
        "ancestry_col",
        "subtype_col",
        "ancestry_colors",
        "subtype_shapes",
        "save",
        "save_kwargs",
        "fig_kwargs",
        "verbose",
        "log"
      ],
      "defaults": {
        "snpid": "SNPID",
        "chrom": "CHR",
        "pos": "POS",
        "p": "P",
        "mlog10p": "MLOG10P",
        "windowsizekb": 500,
        "sig_level": 5e-08,
        "build": "19",
        "ncols": 11,
        "figsize": [
          20,
          40
        ],
        "dpi": 100,
        "annotate_snps": true,
        "anno_style": "expand",
        "repel_force": 0.5,
        "anno_max_iter": 100,
        "save": false
      },
      "banned_keys": {
        "fig_kwargs": [],
        "save_kwargs": [],
        "annotation_kwargs": []
      }
    }
  }
}