Class Enzyme


  • public class Enzyme
    extends java.lang.Object
    • Nested Class Summary

      Nested Classes 
      Modifier and Type Class Description
      static class  Enzyme.EnzymeName  
    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      Enzyme​(Enzyme.EnzymeName enzName)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.lang.String description, java.lang.String uniprot_id, java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.lang.String description, java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids, java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.lang.String description, java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids, java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions, java.lang.String systematicName)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactionSet)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactionSet, ambit2.smarts.SMIRKSManager smrkMan)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactionSet, java.util.ArrayList<java.lang.String> cellLocations)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids, java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions)  
      Enzyme​(java.lang.String enzName, java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids, java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations, java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions, java.lang.String acceptedcName)  
    • Constructor Detail

      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions,
                      java.lang.String acceptedcName)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.lang.String description,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.lang.String description,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprot_ids,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions,
                      java.lang.String systematicName)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.lang.String description,
                      java.lang.String uniprot_id,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> cellularLocations,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactions)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactionSet,
                      java.util.ArrayList<java.lang.String> cellLocations)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactionSet,
                      ambit2.smarts.SMIRKSManager smrkMan)
      • Enzyme

        public Enzyme​(java.lang.String enzName,
                      java.util.ArrayList<MetabolicReaction> reactionSet)
    • Method Detail

      • getName

        public java.lang.String getName()
      • getPrimaryUniprotId

        public java.lang.String getPrimaryUniprotId()
      • getUniprotIds

        public java.util.ArrayList<java.lang.String> getUniprotIds()
      • setprimaryUniprotId

        public void setprimaryUniprotId​(java.lang.String uniprotID)
      • setUniprotIds

        public void setUniprotIds​(java.util.ArrayList<java.lang.String> uniprotIds)
      • getReactionsNames

        public java.util.ArrayList<java.lang.String> getReactionsNames()
      • display

        public void display()