DFAST 可動性遺伝因子 (MGE) / 薬剤耐性 (AMR) アノテーション検証サマリ

生成日: 2026-06-11  |  DFAST ver. 1.3.9  |  MobileElementFinder 1.1.2 (MGEdb 1.1.1)  |  PlasmidFinder / CARD / VFDB

6 種の細菌ゲノムに対し、DFAST を --mge --amr --no_cdd --no_hmm --debug オプションで実行した検証結果です。 --mge は MobileElementFinder による MGE 検出、--amr は CARD/VFDB（薬剤耐性・病原因子）と PlasmidFinder（プラスミド型）の同定を有効化します。検出された MGE は GenBank 出力に座標付き feature として記載されます。

1. インストールと使い方

ツール・参照データのインストール

MobileElementFinder（ツール本体）と MGEdb の BLAST インデックス（参照データ）は、次の 1 コマンドでまとめて準備できます。 非 Docker の DFAST インストール向けの手順です（Docker イメージ dfast2026:dev には MobileElementFinder が同梱済みのため不要）。 <DB_ROOT> は DFAST のデータベースディレクトリ（例: dfast_core/db）に読み替えてください。

$ dfast_file_downloader.py --mefinder -d <DB_ROOT>

このコマンドは次を順に実行します。

DFAST の実行

MGE 検出は --mge オプションで有効化します。--amr と併用できます。

$ dfast --genome your_genome.fna --mge -o OUTPUT_DIR
# AMR/VFG・プラスミド型判定も同時に行う場合
$ dfast --genome your_genome.fna --mge --amr -o OUTPUT_DIR

既定では --min-coverage 0.95（MEF 既定の 0.9 より厳しめ）で実行され、参照インデックスは <DB_ROOT>/mefinder_db を使用します。検出された MGE は genome.gbk に座標付き feature （mobile_element / misc_feature）として、所見は amr_summary.tsv の ## 行として記載されます（詳細は次節以降）。

2. ゲノム別 検出結果

全 6 ゲノムで DFAST は正常終了 (exit 0)。L. hokkaidonensis（食品由来）で AMR ヒット 0 件は妥当。 mobile_element / misc_feature は genome.gbk に、AMR/VFG ヒットと MGE 注釈行は amr_summary.tsv に記載されます。

3. MGE が GenBank にどう記載されるか

MobileElementFinder が検出した MGE のタイプを、INSDC（DDBJ/GenBank）の統制語彙に従って次のように feature へマッピングします。

共通で全 feature に /note="MobileElementFinder: 名称; identity:X%, coverage:Y%; similar to accession (MGEdb)" を付与（accession が無い場合は "similar to ..." 部分を省略）。 /note="MGE_n" は DFAST の内部 feature ID（出力詳細度 3 の標準動作）。 座標の < / > は参照配列に対して 5'/3' が不完全な場合のみ付与されます。

mobile_element 記載例① — transposon（pOXA-48 / Tn1999）

     mobile_element  complement(2292..8429)
                     /note="MobileElementFinder: Tn1999; identity:100.0%,
                     coverage:100.0%; similar to AY236073 (MGEdb)"
                     /note="MGE_1"
                     /mobile_element_type="transposon:Tn1999"

mobile_element 記載例② — insertion sequence（L. hokkaidonensis / ISLho1）

     mobile_element  9186..10732
                     /note="MobileElementFinder: ISLho1; identity:100.0%,
                     coverage:100.0%"
                     /note="MGE_23"
                     /mobile_element_type="insertion sequence:ISLho1"

misc_feature 記載例③ — ICE（L. hokkaidonensis / Tn6254）

     misc_feature    1799238..1851240
                     /note="MobileElementFinder: Tn6254; identity:100.0%,
                     coverage:99.1%; similar to AP014680 (MGEdb)"
                     /note="integrative conjugative element (ICE): Tn6254"

misc_feature 記載例④ — putative composite transposon（E. coli K-12）

     misc_feature    complement(257907..279930)
                     /note="MobileElementFinder: cn_22023_ISSen9;
                     identity:94.0%, coverage:100.0%"
                     /note="putative composite transposon (predicted by MobileElementFinder)"

補足: 分類の判断基準

なぜ ICE などが misc_feature なのか: INSDC の /mobile_element_type は統制語彙（insertion sequence・MITE・transposon・integron・retrotransposon 等）に限定され、 ICE / IME / CIME / mobile insertion cassette に対応する値が存在しません。 無理に other とせず、情報を保持できる misc_feature ＋ 説明 /note で記載しています（DDBJ バリデーションも通過）。 IS・MITE・transposon は対応語彙があるため mobile_element として出力されます。

putative composite transposon が出力される条件: 同一の挿入配列 (IS) が同一 contig 上に 2 コピー存在し、次を満たすとき — (1) 少なくとも片方が確実に検出された IS、 (2) 逆位反復配列 (IR) が保存（端の切断 ≤ 20 bp かつ隣接 HSP ≥ 60 bp）、 (3) 2 つの IS を含む全長が < 52,452 bp。 MGEdb に既知エントリは無く IS の配置から推定する（evidence = PUTATIVE）ため、確信度の低い misc_feature として cn_<全長>_<IS名>（例 cn_22023_ISSen9）の名称で出力します。間の積荷の中身は問わないため偽陽性もあり得ます。

4. AMR × MGE の文脈（amr_summary.tsv）

amr_summary.tsv では、各 contig の薬剤耐性/病原因子ヒット（タブ区切り行）の上に、 PlasmidFinder と MobileElementFinder の所見が ## 行として併記されます。 下は pOXA-48 の例で、OXA-48 カルバペネマーゼが Tn1999 複合トランスポゾン上の IncL プラスミドに載っていることが一目で分かります。

#locus  location  hit_accession  gene  product  identity  q_cov  s_cov  e_value  note
## sequence1 PlasmidFinder: IncL, Description: Possibly derived from enterobacteriales IncL type plasmid., ...
## sequence1 MobileElementFinder: Tn1999 (composite transposon), identity:100.0%, coverage:100.0%, 2292..8429
LOCUS_060  sequence1:complement(5445..6242)  ARO:3001782:AAP70012.1  OXA-48  OXA beta-lactamase  100.0  100.0  100.0  0.0  similar to CARD:OXA-48 ...

5. 同梱ファイル

各ゲノムについて以下 2 ファイルを <生物種_株_アクセッション> 命名で収録しています（計 12 ファイル）。

• *.genome.gbk — 全アノテーション（CDS/RNA + mobile_element/misc_feature 含む）GenBank 形式
• *.amr_summary.tsv — AMR/VFG ヒット + PlasmidFinder/MGE 注釈（## 行）
• MANIFEST.tsv — ファイル一覧と各 run の実行ステータス