_sharkmer() {
    local i cur prev opts cmd
    COMPREPLY=()
    if [[ "${BASH_VERSINFO[0]}" -ge 4 ]]; then
        cur="$2"
    else
        cur="${COMP_WORDS[COMP_CWORD]}"
    fi
    prev="$3"
    cmd=""
    opts=""

    for i in "${COMP_WORDS[@]:0:COMP_CWORD}"
    do
        case "${cmd},${i}" in
            ",$1")
                cmd="sharkmer"
                ;;
            *)
                ;;
        esac
    done

    case "${cmd}" in
        sharkmer)
            opts="-s -o -k -t -m -v -q -h -V --ena --sample --outdir --pcr-panel --pcr-panel-file --pcr-primers --list-panels --export-panel --help-pcr --chunks --histo-max --threads --max-reads --min-kmer-count --validate-every --verbose --quiet --color --cite --completions --validate-panels --dry-run --help --version [INPUT]..."
            if [[ ${cur} == -* || ${COMP_CWORD} -eq 1 ]] ; then
                COMPREPLY=( $(compgen -W "${opts}" -- "${cur}") )
                return 0
            fi
            case "${prev}" in
                --ena)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --sample)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                -s)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --outdir)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                -o)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --pcr-panel)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --pcr-panel-file)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --pcr-primers)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --export-panel)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                -k)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --chunks)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --histo-max)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --threads)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                -t)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --max-reads)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                -m)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --min-kmer-count)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --validate-every)
                    COMPREPLY=($(compgen -f "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --color)
                    COMPREPLY=($(compgen -W "auto always never" -- "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                --completions)
                    COMPREPLY=($(compgen -W "bash elvish fish powershell zsh" -- "${cur}"))
                    return 0
                    ;;
                *)
                    COMPREPLY=()
                    ;;
            esac
            COMPREPLY=( $(compgen -W "${opts}" -- "${cur}") )
            return 0
            ;;
    esac
}

if [[ "${BASH_VERSINFO[0]}" -eq 4 && "${BASH_VERSINFO[1]}" -ge 4 || "${BASH_VERSINFO[0]}" -gt 4 ]]; then
    complete -F _sharkmer -o nosort -o bashdefault -o default sharkmer
else
    complete -F _sharkmer -o bashdefault -o default sharkmer
fi
